La documentazione di CodeIgniter indica che le istruzioni del caso all'interno della clausola order by non sono supportate all'interno della classe Active Record. Consiglierei di refactoring della chiamata SQL in modo che l'istruzione case faccia parte della clausola select. Qualcosa come il seguente dovrebbe fare il trucco.
$this->db->select("p.*,u.firstname, u.lastname,s.title AS industry, pt.type_name, al.length_value, CASE p.submit_to WHEN 'writer' THEN 2 WHEN 'students' THEN 1 ELSE 0 END AS ordered_submit_to",FALSE);
$this->db->from($this->_tbl_projects . ' as p');
$this->db->join($this->_tbl_client_details . ' as c', 'c.id = p.client_id', 'left');
$this->db->join($this->_tbl_users . ' as u', 'u.id = c.user_id', 'left');
$this->db->join($this->_tbl_project_types . ' as pt', 'pt.project_type_id = p.project_type_id', 'left');
$this->db->join($this->_tbl_specializations . ' as s', 's.specialization_id = p.specialization_id', 'left');
$this->db->join($this->_tbl_article_length . ' as al', 'al.article_length_id = p.article_length_id', 'left');
$this->db->order_by('ordered_submit_to', 'ASC');
$this->db->order_by('p.request_end_date', 'ASC');