Usa ALTER TABLE+ADD CONSTRAINT. Per esempio. se vuoi collegare i membri e i profili delle tabelle tramite member_id e i profili di eliminazione a cascata ogni volta che il membro viene eliminato, puoi scrivere qualcosa del genere:
ALTER TABLE profiles
ADD CONSTRAINT `fk_test`
FOREIGN KEY (`member_id` )
REFERENCES `members` (`member_id` )
ON DELETE CASCADE
Se dovrai aggiornare quel vincolo, dovrai rimuoverlo e quindi crearlo di nuovo, non esiste un modo diretto per modificarlo.
ALTER TABLE profiles DROP FOREIGN KEY `fk_test`