Come ottenere un output intero da una query SQL

$result = mysql_query("SELECT tagID FROM tags WHERE tagName = '$tag'"); // figure out why an existing tag gets the ID zero instead of 'tagID'
$row = mysql_fetch_assoc($result);
echo $row["tagID"];

mysql_query() restituisce la risorsa risultato, non il valore nella query. Devi usare funzioni di recupero per ottenere i dati effettivi.

Se vuoi che questo codice sia più pulito, controlla che $result non è false (errore di query) e $row non è false (nessuno trovato).