Tutta la mia ricerca è finalmente culminata nella conclusione che mentre EF in generale è dannoso per le prestazioni, MySql+EF è decisamente scadente. La scelta di SO di L2S su EF è una buona mossa e se avessi avuto accesso a un database MS Sql invece di MySQL mi sarei spostato anche in quella direzione.
Sfortunatamente sono bloccato con MySql perché è gratuito e questo mi ha costretto a rinunciare a EF. Ora sono tornato a codificare le mie query SQL nel modo vecchio, testato ed efficiente e i risultati sono buoni.
Ho dato un pass a MYSql + EF, ma mi piacerebbe sentire le persone che lo hanno utilizzato con successo in un progetto non banale.