Oppure modifica entrambe le applicazioni in modo che l'app Java sia veramente la proprietaria del database MySQL e lo esponga come servizio. Stai accoppiando le due app a livello di database facendo ciò che stai proponendo.
Se hai un proprietario dei dati, puoi nascondere le modifiche allo schema e simili dietro l'interfaccia del servizio. Puoi anche rendere possibile avere un meccanismo di pubblicazione/sottoscrizione per avvisare le parti interessate delle modifiche al database. Se queste cose sono importanti per te, riconsidererei la possibilità di consentire a un'altra applicazione di accedere direttamente a MySQL.
