Mi sono imbattuto anche in questo errore e si è scoperto che l'unità disco rigido del server era piena.
Stavo cercando di troncare un tavolo. Non potevo farlo tramite lo script web o tramite MySQL Workbench.
Dopo aver stretto il pugno all'amministratore del server ho cancellato alcuni file temporanei, poiché ho dovuto attendere la sua disponibilità, e sono stato quindi in grado di eseguire il mio troncamento.