Se stai utilizzando un modulo nodo come mysql , il secondo approccio dovrebbe funzionare.
var query=select * from User where userid in (?);
var data=['a','b','c'];
var queryData=[data];
conn.query(query, queryData, function (err, results) {})
Secondo la documentazione , "Gli array vengono trasformati in elenchi, ad esempio ['a', 'b'] si trasforma in 'a', 'b'". Quindi questo approccio dovrebbe funzionare (l'ho usato praticamente).