Sì, almeno un caso è notevolmente più lento. Se definisci solo il seguente indice:
ALTER TABLE ... ADD INDEX (a, b);
... quindi la query SELECT * FROM ... WHERE B = 1;
non utilizzerà quell'indice.
Quando crei un indice con una chiave composta, l'ordine delle colonne della chiave è importante. Si consiglia di provare a ordinare le colonne nella chiave per aumentare la selettività, con le colonne più selettive all'estrema sinistra della chiave. Se non lo fai e inserisci una colonna non selettiva come prima parte della chiave, rischi di non utilizzare affatto l'indice. (Fonte:Suggerimenti sull'ottimizzazione dell'indice composito di SQL Server )