MySQL:come inserire un record per ogni risultato in una query SQL?

Semplice come questo :

INSERT INTO config (id, customer_id, domain) 
SELECT DISTINCT id, customer_id, domain FROM config;

Se vuoi "www.example.com " come dominio, puoi fare :

INSERT INTO config (id, customer_id, domain) 
SELECT DISTINCT id, customer_id, 'www.example.com' FROM config;