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JPA EclipseLink DatabaseException:'tabella foo.SEQUENCE non esiste'

Per mysql Ti consiglierei di seguire:

Al tuo tavolo messages nel campo id aggiungi la dichiarazione auto_increment :

create table messages(
...
id  int not null auto_increment,
...
primary key (id)
)

Alla dichiarazione di entità utilizzare

@Id
@GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY)
private int id;   

Questo parla con JPA usa la funzione di incremento automatico di MySQL

Se non è applicabile (ad esempio potresti voler creare un'altra entità correlata nella stessa transazione) usa la strategia TABLE (per maggiori dettagli vedi http://www.objectdb.com/java/jpa/entity/generated )