Anche io ho avuto lo stesso problema in passato. Tutto era successo dopo aver spostato i file di database in una nuova posizione e dopo aver aggiornato il server MySQL. Tutte le tabelle con il motore InnoDB sono scomparse dal mio database. Stavo cercando di ricrearli, ma mysql mi ha detto 1146: Table 'xxx' doesn't exist tutto il tempo fino a quando non ho ricreato il mio database e riavviato il servizio MySQL.
Penso che sia necessario leggere i binari delle tabelle InnoDB.
