Secondo la documentazione di MySQL, per eseguire un aggiornamento tra tabelle non è possibile utilizzare un join (come in altri database), ma utilizzare invece una clausola where:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /it/aggiornamento.html
Penso che qualcosa del genere dovrebbe funzionare:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID