La query MySQL viene eseguita molto lentamente

Gli indici sono tuoi amici.

UPDATE User ... WHERE id = ... -- Ha un disperato bisogno di un indice su ID, probabilmente PRIMARY KEY .

Allo stesso modo per renameSource .

SELECT * 
FROM `User` `t` 
WHERE `t`.`firstName`='Franck' 
  AND `t`.`lastName`='ALLEGAERT ' 
  AND `t`.`dateOfBirth`='1971-07-29' 
  AND (userType NOT IN ("1")) 
LIMIT 1;

Richiede INDEX(firstName, lastName, dateOfBirth); i campi possono essere in qualsiasi ordine (in questo caso).

Guarda ogni query per vedere di cosa ha bisogno, quindi aggiungi quel INDEX al tavolo. Leggi il mio ricettario sulla creazione di indici .