multi=True è un requisito per il connettore MySql. Non è possibile impostare questo flag passandolo ai metodi SQLAlchemy. Fai questo:
conn = session.connection().connection
cursor = conn.cursor() # get mysql db-api cursor
cursor.execute(sql, multi=True)
Maggiori informazioni qui:https://www.mail-archive.com /esempio@sqldat.com/msg30129.html