Vedi anchehttp://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/12/insert-into-select-performance-with-innodb-tables/
se non si utilizza la replica, è possibile modificare innodb_locks_unsafe_for_binlog per modificare questo comportamento di blocco.
Oppure puoi scaricare i dati su un file, quindi ricaricare i dati da un file. Questo evita anche le serrature.