sequelize tabella senza colonna 'id'

Se non definisci una primaryKey quindi sequelize usa id per impostazione predefinita.

Se vuoi impostarne uno tuo, usa semplicemente primaryKey: true sulla tua colonna.

AcademyModule = sequelize.define('academy_module', {
    academy_id: {
        type: DataTypes.INTEGER,
        primaryKey: true
    },
    module_id: DataTypes.INTEGER,
    module_module_type_id: DataTypes.INTEGER,
    sort_number: DataTypes.INTEGER,
    requirements_id: DataTypes.INTEGER
}, {
    freezeTableName: true
});