Non utilizzare RENAME DATABASE!!!
Le prime versioni 5.1 avevano questo comando, ma è stato rimosso poiché può danneggiare i dati (riferimento ).
L'unico modo al momento è
mysqladmin create new_db_name
mysqldump db_name | mysql new_db_name
come indicato qui
Modifica:ovviamente questa risposta diventerà datata una volta risolto il problema.