Mi sono imbattuto in questo ieri sera. Ho scoperto che FIND_IN_SET funziona qui:
SELECT * FROM table WHERE FIND_IN_SET(id, @parameter) != 0
...
intArray = new List<int>(){1,2,3,4};
conn.Command.Parameters.AddWithValue("parameter", string.Join(",", intArray));
Apparentemente questo ha alcuni limiti di lunghezza (ho trovato il tuo post alla ricerca di una soluzione alternativa), ma questo potrebbe funzionare per te.