Come posso bloccare la lettura/scrittura nelle tabelle MySQL in modo da poter selezionare e quindi inserire senza che altri programmi leggano/scrivano nel database?

Puoi bloccare le tabelle usando MySQL LOCK TABLES comando in questo modo:

LOCK TABLES tablename WRITE;

# Do other queries here

UNLOCK TABLES;

Vedi:

http://dev.mysql.com/doc/refman /5.5/en/lock-tables.html