Sto provando una semplice query con in parametro con mysql 5.5 tramite codice jdbc

Non dovresti chiamare executeQuery(String) su un PreparedStatement , dovresti chiamare executeQuery() invece. Questo è esplicitamente vietato dall'API JDBC, ma va storto solo per caso (a causa dell'errore di sintassi) con MySQL Connector/J.

Tieni presente che la tua query attuale è l'equivalente di:

select * from matrix where metric_name = ?

Non vedo un motivo per cui dovresti usare IN qui.