Sono settimane che sto lottando con qualcosa di simile. L'ho capito solo pochi minuti fa.
- In mysql workbench, crea una nuova istanza del server.
- Per l'indirizzo dell'host remoto, inserisci l'indirizzo dell'endpoint (ad esempio xxxxxx.us-east-1.rds.amazonaws.com)
- Per il metodo di connessione, seleziona "Standard TCP/IP su SSH"
- Il nome host SSH è il DNS pubblico della tua istanza EC2
- Ho specificato ec2-user (credo che vari in base al tipo di istanza EC2) come nome utente e quindi ho specificato il file della chiave scaricato corrispondente alla coppia di chiavi utilizzata dall'istanza.
- Il nome host mysql è l'endpoint dell'istanza RDS.
- Il nome utente è il nome utente dell'istanza RDS (ovvero ebroot)
Usando quello sono stato in grado di connettermi. Tuttavia, non ho utilizzato VPC nella mia configurazione. Spero questo sia di aiuto. Buona fortuna!