MYSQL AND query da soddisfare sulla stessa colonna

Perché stop_id non possono essere due valori diversi nella stessa riga.

L'aggregazione è un modo per fare ciò che vuoi:

SELECT b.bus_name
FROM buses b JOIN
     route_connect rc
     ON rc.busid = b.id JOIN
     stops s
     ON s.id = rc.stop_id
GROUP BY b.bus_name
HAVING SUM( s.stop_name = 'Sydney' ) > 0 AND
       SUM( s.stop_name = 'Melbourne' ) > 0;

Questo restituisce gli autobus che hanno fermate con il nome di entrambe le città.

Dato che gli autobus possono avere molte fermate, potrebbe essere più efficiente fare:

SELECT b.bus_name
FROM buses b JOIN
     route_connect rc
     ON rc.busid = b.id JOIN
     stops s
     ON s.id = rc.stop_id
WHERE s.stop_name in ('Sydney', 'Melbourne')
GROUP BY b.bus_name
HAVING COUNT(DISTINCT s.stop_name) = 2;