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Errore di inizializzazione del database MySQL Spring Boot con stored procedure

La risposta si è rivelata molto semplice. Spring Boot ha una proprietà separatore DataSource che può essere impostata nel file application.properties:

spring.datasource.separator=^;

Quindi nel file schema.sql tutto ; le istruzioni non all'interno della procedura memorizzata devono essere aggiornate con il nuovo separatore.

DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()

BEGIN
  SELECT * from `database`.employees;
END ^;