La risposta si è rivelata molto semplice. Spring Boot ha una proprietà separatore DataSource che può essere impostata nel file application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Quindi nel file schema.sql tutto ;
le istruzioni non all'interno della procedura memorizzata devono essere aggiornate con il nuovo separatore.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;