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La funzione MySQL TRIM non taglia le interruzioni di riga o i ritorni a capo?

Sì, Trim() funzionerà in MySQL. Hai due scelte.

1) selezionalo:

select trim(BOTH '\n' from [field_name]) as field

Se non funziona, prova '\r' , se non funziona, prova '\n\r' .

2) sostituisci i dati errati nella tua tabella con un aggiornamento...

update [table_name] set [field_name] = trim(BOTH '\n' from [field_name])

Ti consiglio di selezionare prima per determinare quale interruzione di riga hai (\r o \n).