Il --link
flag è considerata una funzionalità legacy, dovresti usare reti definite dall'utente.
Puoi eseguire entrambi i container sulla stessa rete:
docker run -d --name php_container --network my_network my_php_image
docker run -d --name mysql_container --network my_network my_mysql_image
Ogni container su quella rete sarà in grado di comunicare tra loro utilizzando il nome del container come nome host.