A seconda del tuo metodo preferito per modificare le variabili PHP (configurazione di Apache, .htaccess), cambia il valore session.cookie_domain in modo che sia un valore coerente.
Ho più sottodomini e ogni sezione VirtualHost nel file di configurazione di Apache contiene la seguente riga:
php_value sessione.cookie_domain miodominio.com
La sintassi dovrebbe essere simile se apporti le modifiche in un file .htaccess.
Aggiornato per il commento di bobert5064:
Per più domini (es. domain1.com, domain2.org), penso che sia solo necessario scegliere un nome di dominio comune (es. domain1.com). Non l'ho mai provato, quindi non posso verificare che funzioni, ma la logica sembra corretta.
Esiste anche un metodo per impostare la direzione delle variabili in PHP descritto in http://us.php.net/manual/en/function.session-set-cookie-params.php . La documentazione non fa alcun riferimento alla possibilità o impossibilità di impostare i cookie su un dominio diverso.