AFAIK l'unico modo per eseguire backup incrementali è utilizzare il registro binario. Hai altre opzioni se desideri eseguire backup completi (hotcopy InnoDB), ma incrementale significa che devi registrare tutte le transazioni effettuate.
Devi chiederti perché stai eseguendo il backup dei dati. Dato che hai uno slave per la replica, presumo che il backup sia principalmente per ripristinare i dati in caso di eliminazione accidentale?
Probabilmente ruoterei i registri ogni 1 ora e ne farei un backup. Ciò significa che il ripristino lascerebbe i dati al massimo 1 ora e puoi ripristinarli in qualsiasi momento dall'ultimo snapshot completo.