Da documentazione :
In realtà, se emetti SELECT ... ORDER BY a questa tabella, l'opzione per ALTER TABLE non ti risparmierà filesort , ma invece crea filesort molto più veloce.
Ordinare un set già ordinato equivale a sfogliare questo set per assicurarsi che sia tutto a posto.
Se la tua tabella non contiene campi dinamici (come VARCHAR o 'BLOB'), quindi molto probabilmente MyISAM non lo sposterà durante l'aggiornamento.
Non farei affidamento su questo comportamento, però, se stessi costruendo una centrale nucleare o qualcosa per cui vengo pagato.
Dovrai fare ALTER TABLE ... ORDER BY .
REPAIR risolve solo la struttura fisica di una tabella danneggiata.