DELETE DupRows.*
FROM MyTable AS DupRows
INNER JOIN (
SELECT MIN(ID) AS minId, col1, col2
FROM MyTable
GROUP BY col1, col2
HAVING COUNT(*) > 1
) AS SaveRows ON SaveRows.col1 = DupRows.col1 AND SaveRows.col2 = DupRows.col2
AND SaveRows.minId <> DupRows.ID;
Ovviamente devi estendere col1, col2 in tutti e tre i posti a tutte le colonne.
Modifica:l'ho appena estratto da uno script che conservo e ho testato nuovamente, viene eseguito in MySQL.