Significa che stai tentando di eseguire il tuo codice su una macchina in cui il provider non è installato? In tal caso devi anche registrare il provider nel tuo file di configurazione perché l'installazione lo aggiunge a machine.config e se non lo hai installato il provider al momento non è registrato.
Prova ad aggiungerlo al tuo file web.config:
<system.data>
<DbProviderFactories>
<add name="MySQL Data Provider"
invariant="MySql.Data.MySqlClient"
description=".Net Framework Data Provider for MySQL"
type="MySql.Data.MySqlClient.MySqlClientFactory, MySql.Data, Version=6.4.4.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=c5687fc88969c44d" />
</DbProviderFactories>
</system.data>