Il tuo server MySQL accetta solo connessioni su *nix socket (/var/run/mysqld/mysqld.sock se stai usando Ubuntu) o solo per localhost.
Devi modificare il tuo my.cnf (su Ubuntu di nuovo si trova in /etc/mysql/my.cnf) e modificare quanto segue:
bind-address = 0.0.0.0
E commenta quanto segue
#skip-networking
Infine riavvia MySQL.
Fai attenzione, se la tua macchina MySQL è accessibile da Internet pubblico accetterà connessioni da tutti!