Il repository ufficiale di PHP ha uno script chiamato docker-php-ext-install https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Hai dimenticato di installare l'estensione necessaria per eseguire il PDO.
Prova a creare un'immagine della finestra mobile come questa:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql
