Elimina da due tabelle in una query

Non puoi semplicemente separarli con un punto e virgola?

Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'

O

Usa semplicemente INNER JOIN come di seguito

DELETE messages , usersmessages  FROM messages  INNER JOIN usersmessages  
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'