Qual è il metodo migliore per ottenere sempre 2 cifre decimali in Oracle?

Bene, potresti semplicemente usare ROUND()

$sth = $dbh->prepare("SELECT ROUND(net_total,2) FROM order_totals WHERE order_no = $id");

O ancora meglio:

$sth = $dbh->prepare("SELECT TO_CHAR(net_total,'99.99') FROM order_totals WHERE order_no = $id");