Forse solo una sessione Oracle ne blocca un'altra. In questo caso la sessione "console" blocca la sessione dell'app Java. Prova a eseguire il COMMIT nella sessione "Console Oracle DB".
Quando elimini alcune righe da una sessione senza eseguire il commit e poi provi a eliminare le stesse righe da un'altra sessione (app Java), si bloccherà fino al commit (o rollback) della prima sessione.