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La funzione di gruppo SQL è nidificata troppo in profondità

Un modo per farlo è annidare la tua query e quindi scegliere la prima riga nell'output:

select C_SE_ID, cnt
from (select CS.C_SE_ID, count(*) as cnt
      from COURSE_SECTION CS join
           ENROLLMENT E
           on CS.C_SE_ID=E.C_SE_ID join
           LOCATION L
           on CS.LOC_ID=L.LOC_ID
      where L.BLDG_CODE='DBW'
      GROUP BY CS.C_SE_ID
      order by count(*) desc
     ) t
where rownum = 1

Nota che ho aggiornato la sintassi di join alla versione più moderna usando on invece di where .

Se vuoi tutti valori minimi (e ce ne sono più di uno), quindi userei le funzioni analitiche. È un'idea molto simile alla tua query originale:

select *
from (select CS.C_SE_ID, count(*) as cnt,
             max(count(*)) over (partition by cs.c_se_id) as maxcnt
      from COURSE_SECTION CS join
           ENROLLMENT E
           on CS.C_SE_ID=E.C_SE_ID join
           LOCATION L
           on CS.LOC_ID=L.LOC_ID
      where L.BLDG_CODE='DBW'
      GROUP BY CS.C_SE_ID
      order by count(*) desc
     ) t
where cnt = maxcnt;

Prova questo invece della tua query originale:

SELECT E.S_ID
FROM ENROLLMENT E
where E.C_SE_ID in (select C_SE_ID
                    from (select CS.C_SE_ID, count(*) as cnt,
                                 max(count(*)) over (partition by cs.c_se_id) as maxcnt
                          from ENROLLMENT E
                               LOCATION L
                               on CS.LOC_ID=L.LOC_ID
                          where L.BLDG_CODE='DBW'
                          GROUP BY e.C_SE_ID
                         ) t
                    where cnt = maxcnt)
                   );

Oltre a correggere i join, ho anche rimosso tutti i riferimenti a course_section . Questa tabella non sembra essere utilizzata (a meno che per filtrare i risultati) e rimuoverla semplifica le query.