L'ho risolto creando manualmente sequenze come parte del mio script di test. Non è l'ideale in quanto preferirei la combinazione Spring/HSQL impostarla. Il mio codice è:
for (String sequence : sequences) {
entityManager.createNativeQuery("DROP SEQUENCE " + sequence + " IF EXISTS").executeUpdate();
entityManager.createNativeQuery("CREATE SEQUENCE " + sequence + " as INTEGER").executeUpdate();
}
dove sequenze è un elenco di stringhe che sono il nome della sequenza.
Ho usato questo è il metodo @BeforeClass per ogni classe di test. Non è l'ideale ma risolve il problema