Devi inserire un exit alla fine dello script oppure eseguilo come sqlplus username/example@sqldat.com/dbname < Setup.sql (ovvero input reindirizzato, < invece di @ ). Puoi verificare se questo è il problema semplicemente digitando "exit" nella sessione di sospensione.
Se è davvero sospeso, hai eseguito il commit o il rollback dell'esecuzione dallo sviluppatore?