La colonna Y è indicizzata? È possibile che l'impostazione della colonna su null significhi che Oracle deve eliminare dall'indice, anziché semplicemente aggiornarlo. In tal caso, puoi eliminarlo e ricostruirlo dopo aver aggiornato i dati.
MODIFICA:
È solo la colonna Y che mostra il problema o è indipendente dall'aggiornamento della colonna? Puoi pubblicare la definizione della tabella, inclusi i vincoli?