Faccio questo tipo di cose un bel po' (di solito generando istruzioni di inserimento/aggiornamento).
Devi solo usare la funzione di sostituzione per trasformare tutti i ' in '' . cioè cambialo in:
str_comment:='COMMENT ON COLUMN '||rec.table_name||'.'||rec.column_name
||' IS '''||REPLACE( rec.description,'''','''''')||'''; ' ;
