Puoi usare org.eclipse.ui.IWorkbenchPage.findView(String) per restituire IViewPart (l'istanza dell'oggetto contribuito che ha creato quella vista). Da lì, dovresti conoscere e avere accesso alla classe e agli interni per ottenere il loro oggetto Tree:
IViewPart part = workbench.getActiveWorkbenchWindow().getActivePage()
.findView(MyView.ID);
if (part instanceof MyView) {
MyView view = (MyView) part;
// now access whatever internals you can get to
}