SQLyog
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Dove nella specifica pertinente è documentato che alcuni commenti in uno script SQL devono, in effetti, essere eseguiti come SQL valido (da MySQL)?

È nel manuale, sotto "Sintassi dei commenti".

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6 /it/commenti.html

/*! MySQL-specific code */ 

In questo caso, MySQL Server analizza ed esegue il codice all'interno del commento come farebbe con qualsiasi altra istruzione SQL, ma altri server SQL ignoreranno le estensioni.

...

Se aggiungi un numero di versione dopo “!” carattere, la sintassi all'interno del commento viene eseguita solo se la versione di MySQL è maggiore o uguale al numero di versione specificato.

Nel caso delle procedure memorizzate, l'intera dichiarazione è stata avvolta, in modo che se si tentasse di ripristinare il file di dump su una versione del server MySQL così vecchia da non supportare affatto le procedure memorizzate, le definizioni delle procedure verrebbero ignorate dal server invece di causare il fallimento dell'intera operazione di ripristino.