Quando crei una nuova colonna, viene assegnato un valore predefinito (nel tuo caso sarà 0), quindi devi specificare quali valori avrà (inoltre puoi dire alla colonna di essere autoincrementale e farà il lavoro per te per le nuove voci di righe). Devi cambiare tutti i valori in modo che siano diversi tra loro, la chiave ID DEVE essere univoca
Per cambiare tutti i tuoi ID, in mysql puoi fare:
SET @new_id=0;
UPDATE your_table
SET id = @new_id := @new_id + 1
where id = 0
