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MySQL funziona solo con:skip-grant-tables

Assicurati di svuotare i privilegi:

GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'root'@'%' WITH GRANT OPTION;
FLUSH PRIVILEGES;

Dalla documentazione :

PRIVILEGI DI LAVAGGIO

Ricarica i privilegi dalle tabelle di concessione nel database mysql.

Il server memorizza nella cache le informazioni come risultato delle istruzioni GRANT e CREATE USER. Questa memoria non viene rilasciata dalle corrispondenti istruzioni REVOKE e DROP USER, quindi per un server che esegue molte istanze delle istruzioni che causano la memorizzazione nella cache, si verificherà un aumento dell'utilizzo della memoria. Questa memoria cache può essere liberata con FLUSH PRIVILEGES.