Puoi farlo con un semplice aggiornamento:
UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')
Oppure, se stai utilizzando LOAD DATA INFILE per popolare la tabella, puoi crittografare le password quindi:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table
(col1,...,@password,...,coln)
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')