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come posso crittografare un'intera colonna

Puoi farlo con un semplice aggiornamento:

UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')

Oppure, se stai utilizzando LOAD DATA INFILE per popolare la tabella, puoi crittografare le password quindi:

LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table 
(col1,...,@password,...,coln) 
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')