Ho riscontrato questo errore utilizzando MySQL in un contesto diverso (non all'interno di phpMyAdmin). I comandi GRANT e SET PASSWORD non sono riusciti su un particolare utente esistente, che era elencato nella tabella mysql.user. Nel mio caso, è stato risolto eseguendo
FLUSH PRIVILEGES;
La documentazione per questo comando dice
Ricarica i privilegi dalle tabelle di concessione nel database mysql.
Il server memorizza nella cache le informazioni come risultato delle istruzioni GRANT e CREATE USER. Questa memoria non viene rilasciata dalle corrispondenti istruzioni REVOKE e DROP USER, quindi per un server che esegue molte istanze delle istruzioni che causano la memorizzazione nella cache, ci sarà un aumento della memoria utilizzo. Questa memoria cache può essere liberata con FLUSH PRIVILEGES.
Apparentemente la cache della tabella utente ha raggiunto uno stato incoerente, causando questo strano messaggio di errore. Ulteriori informazioni sono disponibili qui .