IIRC non ci sono limiti in PHPMyAdmin né in MySQL:il limite è sulla dimensione del POST (configurazione del server web) o sulla dimensione del caricamento del file (php.ini). Se non riesci a modificare nessuno dei due, dovrai caricare il file con altri mezzi, quindi ....
mysql -u username -p <mysql_export_file.sql
Se non puoi caricare file / non hai accesso alla shell / non hai una versione CLI del client mysql disponibile, la prossima cosa da provare è vedere se puoi connetterti in remoto usando il client CLI mysql:
mysql -u username -h www.example.com -p
Se questo si connette correttamente, quindi esci ed eseguilo di nuovo piping nel file esportato
mysql -u username -h www.example.com -p <mysql_export_file.sql
Se ciò non funziona, dovrai dividere il file di esportazione in più blocchi più piccoli o scrivere il tuo caricatore di dati che gocciola i dati.
C.