Questa è la stringa di connessione con password
Data Source=filename;Version=3;Password=myPassword;
Come hai affermato, usi navicat per impostare la crittografia sqlite. La crittografia significa che hai crittografato il database è diverso dall'impostazione di una password per un database..
nell'impostare una password per un database prova questo codice..
//create file
SQLite.SQLiteConnection.CreateFile("c:\\mydatabase file.db3")
Dim cn As New SQLite.SQLiteConnection
//set password
cn.ChangePassword("paxword")
//remove password
cn.ChangePassword("")
Rimuovi prima la crittografia ..