Rispondo alla mia stessa domanda!
Sembrava che fosse successo qualcosa di sciocco con l'installazione di brew di MongoDB. Reinstallandolo manualmente da http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ e poi ripristinare il mio database di backup sembrava fare il trucco.
Mi piacerebbe ancora sapere da un punto di vista tecnico/codice perché il mio ambiente ha improvvisamente deciso di iniziare a restituire l'ObjectID BSON a 12 byt anziché l'ObjectID esadecimale... ma fino ad allora si spera che una semplice reinstallazione manuale possa aiutare gli altri che si imbattono in questo strano problema!
