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Cosa sto facendo di sbagliato con $set e $inc nell'aggiornamento

Mi sembra che il tuo codice stia effettivamente cercando di impostare il campo $inc del documento piuttosto che usare il modificatore $inc nel campo foo.count. Questo potrebbe essere quello che vuoi:

db.foobar.update(
    { name: "Foobar" }, 
    {
        $set: { 'foo.bar': 'bar' }, 
        $inc: { 'foo.count': 1 } 
    }, true)

Spero che questo aiuti.